Kvarner heeft een lange en rijke geschiedenis die teruggaat tot het steentijdperk. De eerste nederzettingen zijn te vinden in de Kornati-archipel, maar deze werden in de Bronstijd verlaten. De renaissancetijd wordt gekenmerkt door intensieve bouwactiviteiten van kustplaatsen met een sterke handelstraditie. De 16e eeuw was bijzonder belangrijk voor Kvarner, omdat zich toen een stedelijke cultuur ontwikkelde die uitmondde in belangrijke architecturen werken die vandaag de dag nog overeind staan – met name Stari grad in Rijeka, het kasteel van Varaždin en de kathedraal van Trogir. De 18e eeuw bracht nieuwe vooruitgang in Kvarner, vooral op het gebied van de handel. De bloei van het scheepvaartverkeer tussen Split en Venetië, Silba – Triëst en de hele Adriatische Zee versterkte het proces. De kustplaatsen van de regio werd belangrijker dan hun tegenhangers in het binnenland; Rijeka werd een van de belangrijkste havens in het Middellandse Zeegebied vanwege zijn grote strategische positie.

Kvarner heeft sinds de oudheid belangrijke historische banden met Triëst en Italië. Het werd in de vroege middeleeuwen gebruikt als podium voor vele veldslagen, waarvan sommige werden gewonnen door Venetië, terwijl andere werden uitgevochten namens regionale Slavische vorsten tegen de belangrijkste rivalen van Venetië, de Hongaarse Byzantijnen of de Germaanse Longobarden. Slavische zeelieden uit Kvarner slaagden er zelfs in tot aan het Griekse eiland Rhodos te varen, dat toen bekend stond als Aigina. Tijdens de Eerste Wereldoorlog werd Kvarner en de omgeving bezet door Italiaanse troepen en in 1920 bij Italië gevoegd. In 1941 werd het gebied bezet door Duitsland, dat een marionettenstaat creëerde onder de naam Onafhankelijke Staat Kroatië, die delen omvatte van het huidige Kroatië, Bosnië en Herzegovina, Servië, Slovenië en andere regio’s die onder aanzienlijke Duitse invloed stonden. De Duitse overheersing eindigde in mei 1945, waarna Rijeka tijdens de naoorlogse periode door het Joegoslavische leger werd bezet.